自治区机关事务管理局前身为自治区人民政府直属机关事务管理局，成立于2002年4月，由原自治区直属机关统建房产管理局及自治区政府办公厅行政处、保卫处、接待办、自治区行政管理学会整合组建，为政府办公厅管理的副厅级参照公务员法管理事业单位。内设5个处室，办公室（挂自治区行政管理学会秘书处”牌子）、财务处、基建与房地产管理处、接待处（挂“自治区人民政府接待办公室”牌子）、保卫处。下设后勤服务中心、车辆服务中心、政府礼堂管理处、政府机关印刷厂、内蒙古迎宾馆等5个所属单位。

2003年11月，经自治区编委会批准，原自治区经贸委机关事务中心划转为管理局所属单位，更名为房产管理中心。

2005年5月，内蒙古迎宾馆改制。

2007年12月，政府礼堂管理处交由自治区人大管理。

2009年11月，根据工作需要，经自治区编委2009年第三次会议研究，同意管理局增设公共机构节能处，并将财务处、基建与房地产管理处更名为财务审计处和基建与资产管理处，至此，管理局内设机构变更为6个。

2012年，根据自治区机构编制委员会《关于调整自治区直属机关事务管理局及所属部分事业单位机构编制的批复》（内机编发〔2011〕25号）、《关于自治区人民政府办公厅所属事业单位调整规范意见的批复》（内机编发〔2012〕74号）规定，经自治区编委办公室主任办公会议研究，确定管理局所属4个处级事业单位为：后勤服务中心（机关门诊部、机关幼儿园为后勤服务中心所属正科级差额拨款事业单位）、车辆服务中心、房产管理中心、机关文印中心。

随着管理、服务的范围不断扩大，工作任务的不断加重， 2015年2月，经自治区编委2015年第一次会议研究，同意增加内设处室：统建管理处，同时将基建与资产管理处更名为资产管理处。同意成立内蒙古自治区人民政府直属机关事务管理局物业管理中心，为直属机关事务管理局所属的相当于处级公益一类事业单位。 经此次调整，管理局内设处级机构7个，所属处级单位增至5个，科级2个。

近年来，随着我区经济社会发展，机关事务管理局工作职能也适应实际需要不断扩大完善，已由单一的后勤服务性部门逐步发展为集管理、保障、服务为一体的综合性机关事务管理机构。特别是国务院《机关事务管理条例》出台后，进一步强化了机关事务管理工作的监督检查和法律责任，明确对盟市旗县的管理指导职能。经自治区党委2016年第3次书记专题会议研究同意，自治区编委批准，于2016年7月正式成立了内蒙古自治区机关事务管理局。具体由原自治区政府直属机关事务管理局职能职责基础上，对自治区“四大班子”后勤保障服务机构进行整合。调整后的机关事务管理局由副厅级升格为正厅级；事业编制由60人增加到85人。内设处室增加为10个。下设处级事业单位由原来的5个增加为8个，具有独立法人资格的科级事业单位3个，管理单位1个。2017年12月经中共内蒙古自治区直属机关工委批准，增设管理局机关党委，由此内设处室增加为11个。

为进一步加强和改进新形势下自治区机关事务管理工作，更好地为自治区“四大班子”提供综合保障服务，解决机关重叠、管理不畅等问题，切实提高工作效率，2020年12月，根据《内蒙古自治区党委办公厅 自治区人民政府办公厅关于印发<内蒙古自治区机关事务管理局职能配置、内设机构和人员编制规定>的通知》（厅发〔2020〕16号），自治区机关事务管理局职能职责、内设机构、人员编制进行了调整，事业编制由85人调整为83人。内设处室增至12个，分别为办公室、资产管理处、基建工程管理处、公务用车管理处、公共机构节能管理处、接待与服务管理处、保卫处、政策法规处、人事处、财务审计处、机关党委和离退休人员工作处。下设处级事业单位增至9个，分别为内蒙古自治区机关事务管理局第一后勤服务中心、第二后勤服务中心、第三后勤服务中心、第四后勤服务中心、第一车辆服务中心、第二车辆服务中心、第三车辆服务中心、党政机关文印中心、内蒙古自治区党委政府机关幼儿园。2021年2月，经中共内蒙古自治区委员会批准，设立中共内蒙古自治区机关事务管理局党组。